Małgorzata urodziła się 29 września 1240 roku w zamku Windsor jako drugie dziecko króla Anglii Henryka III i Eleonory Prowansalskiej. Była siostrą Edwarda I Długonoga. W wieku zaledwie czterech lat została zaręczona z Aleksandrem III, królem Szkocji, jednak ślub odbył się dopiero 26 grudnia 1251 roku w York Minster. Małżeństwo to miało na celu wzmocnienie więzów między Anglią a Szkocją. Para doczekała się trojga dzieci: Małgorzaty, Aleksandra i Dawida. Małgorzata często skarżyła się na trudne warunki życia na szkockim dworze, a w 1255 roku jej stan psychiczny pogorszył się na tyle, że jej matka musiała interweniować u króla Anglii. Zmarła 26 lutego 1275 roku w zamku Cupar i została pochowana w Dunfermline. Jej śmierć była kolejnym ciosem dla Aleksandra III, który wkrótce potem ożenił się ponownie, lecz nie doczekał się potomstwa.