Onufry, świeckim imieniem Antoni Maksimowicz Gagaluk, urodził się w 1889 roku w posadzie Opolu (obecnie Opole Lubelskie) w rodzinie leśnika pochodzenia ukraińskiego, zaś jego matka była Polką i katoliczką. Był najmłodszym z sześciorga rodzeństwa. W wieku pięciu lat stracił ojca, co zmusiło matkę do oddania go do sierocińca. Tam ukończył szkołę przycerkiewną w Chełmie, a następnie seminarium duchowne w tym samym mieście. Na jego postawę w tym okresie istotny wpływ miał biskup chełmski i lubelski Eulogiusz. Po zakończeniu nauki podjął studia w Petersburskiej Akademii Duchownej. Podczas studiów, będąc studentem drugiego lub trzeciego roku, pracował jako nauczyciel teologii dla grupy galicyjskich nauczycieli w monasterze św. Onufrego w Jabłecznej.