Mateusz Alvarez Anjin zginął śmiercią męczeńską 8 września 1628 roku w Nagasaki w Japonii. W lipcu 1627 roku aresztowano misjonarza Bartłomieja Diaz Laurel, a wśród znalezionych przy nim dokumentów był spis intencji mszalnych. Informacje te posłużyły do aresztowania wielu chrześcijan. Jeden z uwięzionych, pod wpływem strachu, ujawnił plany wysłania łodzi po kolejnych misjonarzy, której kapitanem miał być Mateusz Alvarez Anjin. Władze, zaniepokojone tą informacją, 15 czerwca 1628 roku uwięziły misjonarza Dominika Castellet Vinale wraz z tercjarką Łucją Omura i innymi chrześcijanami. Gdy wieść o tym dotarła do grupy pięciu tercjarzy dominikańskich, w tym Mateusza Alvarez Anjina, oddali się oni dobrowolnie w ręce władz, deklarując swoją wiarę. Zostali spaleni żywcem z powodu wiary chrześcijańskiej.