Juana de la Cruz urodziła się 17 czerwca 1597 roku w Beniaján w Hiszpanii. Była córką Diego Fernándeza Rufete i Francisci Sánchez Artero. Została ochrzczona w miejscowej parafii San Juan Bautista. W wieku 22 lat wyszła za mąż za Gaspara Ruiza, pochodzącego z Grenady, gdzie małżonkowie osiedlili się i przez wiele lat pracowali jako pielęgniarze w tamtejszym Szpitalu Królewskim. Po śmierci męża Juana całkowicie oddała się modlitwie i pomocy najuboższym. Jej pierwszymi spowiednikami byli księża z Sacromonte. W 1650 roku przyjęła strój i regułę Trzeciego Zakonu Serafickiego, prowadząc życie modlitwy i umartwienia wśród franciszkanów obserwantów w klasztorze św. Antoniego z Padwy w Grenadzie.