Jan Sōan urodził się w 1578 roku na jednej z wysp archipelagu Gotō. Pochodził z chrześcijańskiej rodziny i nauki pobierał w szkole prowadzonej przez jezuitów. W 1593 roku przeniósł się do Nagasaki, gdzie wstąpił do Towarzystwa Jezusowego. Pełnił obowiązki katechisty, a w nowicjacie zaprzyjaźnił się z Pawłem Miki. W okresie nasilających się prześladowań chrześcijan, po ogłoszeniu przez sioguna Hideyoshiego Toyotomi dekretu nakazującego misjonarzom opuszczenie Japonii, Jan Sōan został aresztowany i skazany na śmierć. Zginął męczeńską śmiercią 5 lutego 1597 roku w Nagasaki.