Jan Nelson urodził się w 1535 roku w Skelton w hrabstwie York. W wieku około 40 lat, w 1573 roku, wyjechał do Douai, aby odbyć formację kapłańską. Dwoje z jego czterech braci również zostało później kapłanami. Święcenia kapłańskie przyjął 11 czerwca 1576 roku w Binche, w Hrabstwie Hainaut, z rąk biskupa Louisa de Berlaymont. Dokładna data i miejsce wstąpienia do Towarzystwa Jezusowego nie są znane. W listopadzie 1576 roku powrócił do misji, która prawdopodobnie odbywała się w Londynie. Został aresztowany 1 grudnia 1577 roku w swoim mieszkaniu, podczas odmawiania Nieszporów. Podczas przesłuchania odmówił złożenia przysięgi uznającej zwierzchność królowej w sprawach duchowych, co zgodnie z prawem z 1571 roku stanowiło zdradę stanu karaną śmiercią. Został skazany na śmierć i stracony 3 lutego 1578 roku.