Jan Kisaku urodził się w 1605 roku w miejscowości Kokinoku w Japonii. Wstąpił do zakonu jezuitów, gdzie pełnił funkcję katechisty i kandydata do stanu zakonnego. W okresie nasilonych prześladowań chrześcijan, zapoczątkowanych dekretem sioguna Hidetady Tokugawy z 1613 roku, kontynuował działalność misyjną pomimo zakazu. W grudniu 1625 roku został aresztowany podczas pobytu u ojca Franciszka Pacheco na skutek donosu apostaty. Podczas zatrzymania schwytano również sąsiadów oraz gospodarza domu, a samego Kaspra Sadamatsu (prawdopodobnie błędne imię w tekście) zapytano o obecność gościa. Jan Kisaku został stracony 20 czerwca 1626 roku w Nagasaki z powodu wiary, dołączając do grona męczenników okresu prześladowań w Japonii.