Jan Chrzciciel Aubert urodził się 19 marca 1768 roku w Paryżu. Po przyjęciu święceń kapłańskich podjął działalność duszpasterską w diecezji Wersalu, gdzie pełnił funkcję Promotora Wiary. Zaangażował się w propagowanie powołań kapłańskich wśród wiernych. W okresie nasilających się prześladowań katolików podczas rewolucji francuskiej odmówił złożenia przysięgi na cywilną konstytucję kleru, co było wówczas wymogiem władz rewolucyjnych. Pomimo poręczeń został aresztowany i uwięziony w klasztorze karmelitów w Paryżu. 2 września 1792 roku został zamordowany przez tłum, który dokonał masakry więźniów odmawiających złożenia przysięgi. Jego ciało, podobnie jak innych ofiar, pochowano w zbiorowych mogiłach na cmentarzu Vaugirard lub wrzucono do studni klasztornej. W 1867 roku, podczas ekshumacji, jego relikwie złożono w krypcie kościoła karmelitów w Paryżu. Jan Chrzciciel Aubert jest uznawany za jednego z błogosławionych męczenników Kościoła katolickiego.