Gertruda z Hackeborn urodziła się w 1232 roku niedaleko Halberstadt w Saksonii-Anhalt. Pochodziła z rodu Hackebornów z Turyngii i była starszą siostrą świętej Mechtyldy. W młodym wieku wstąpiła do benedyktyńskiego klasztoru Roderdorf, który przestrzegał tradycji cysterskich. W 1251 roku, mając dziewiętnaście lat, została wybrana na opatkę. W 1253 roku założyła klasztor w Hederleben przy wsparciu braci Alberta i Ludwika, jednak z powodu braku wody musiała przenieść swoją wspólnotę. W 1258 roku otrzymała zamek Helfta wraz z okolicznymi ziemiami i tam osiadła z siostrami. Za jej rządów klasztor Helfta zdobył sławę w Świętym Cesarstwie Rzymskim dzięki połączeniu benedyktyńskiej praktyki, cysterskiej surowości oraz duchowości dominikańskiej i beginek. Gertruda dbała o wykształcenie sióstr, zwłaszcza w zakresie sztuk wyzwolonych i Biblii, gromadząc liczne księgi.