Franciszek Shōemon urodził się w Japonii, jednak dokładna data jego narodzin nie została przekazana w dostępnych źródłach. Był członkiem tercjarzy dominikańskich, czyli osób świeckich należących do trzeciego zakonu założonego przez św. Dominika. W okresie nasilonych prześladowań chrześcijan w Japonii, Shōemon został aresztowany i uwięziony w Nagasaki. Podczas procesu i tortur pozostał wierny swojej wierze, co doprowadziło do jego skazania na śmierć. Został stracony 14 sierpnia 1633 roku w Nagasaki wraz z innymi męczennikami. Kościół katolicki uznaje go za świętego i wspomina jego postać 14 sierpnia.