Franciszek Pacheco urodził się w 1565 roku w Ponte de Lima w Portugalii. W wieku dziesięciu lat, dowiedziawszy się o męczeńskiej śmierci swojego wuja, księdza Diogo de Mesquity, złożył ślub naśladowania jego przykładu. Wstąpił do Towarzystwa Jezusowego w Coimbrze w wieku dwudziestu lat, a święcenia kapłańskie otrzymał w Goa. W 1592 roku wyjechał na misje do Azji Wschodniej. Do 1604 roku pracował w Japonii, skąd musiał dwukrotnie uciekać z powodu trwających prześladowań chrześcijan. Ostatecznie został schwytany i przewieziony do Nagasaki, gdzie został spalony żywcem w 1626 roku. Wraz z nim zginęli dwaj inni jezuiccy księża: João Baptista Zola i Baltazar de Torres, a także kilku katechistów, trzy rodziny oskarżone o ukrywanie go oraz młody chłopiec o imieniu Luís. W 1867 roku papież Pius IX beatyfikował go wraz z innymi męczennikami z Japonii.