Franciszek Gárate urodził się 3 września 1857 roku w Azpeitii w Kraju Basków, w chłopskiej rodzinie, jako drugi z siedmiu synów. W wieku 17 lat wstąpił do Towarzystwa Jezusowego. Nowicjat odbył we Francji z powodu wojny domowej i powstania kantonalistów. W 1876 roku złożył śluby zakonne. Po powrocie do Hiszpanii podjął posługę pielęgniarską w kolegium jezuickim w La Guardia, gdzie zyskał miano Dobry Brat.