Brak dokładnych danych na temat życia św. Eugeniusza II poza informacjami o jego śmierci 13 listopada 657 roku oraz stanowisku arcybiskupa Toledo, które pełnił od 647 roku aż do śmierci. Według niektórych źródeł nazywany był Eugeniuszem Młodszym, aby odróżnić go od Eugeniusza I, swojego poprzednika na tronie biskupim. W późniejszych opracowaniach historycznych bywa określany jako Eugeniusz III, jeśli uwzględnia się legendarnego męczennika i pierwszego biskupa Toledo. Brak jest szerszych informacji na temat jego działalności literackiej lub teologicznej w dostępnych materiałach.