Agilbert urodził się prawdopodobnie między 610 a 620 rokiem w rodzinie arystokratycznej Neustrii, jako syn Bettona. Był spokrewniony z rodami Faronidów, Agilolfingów oraz, według niektórych źródeł, z Merowingami. Jego imię, odpowiednik germańskiego Æthelberht, sugeruje możliwe powiązania z rodem królewskim Kentu. Biskupem został we Frankonii, skąd wyruszył do Brytanii, gdzie objął stanowisko biskupa Wessex po powrocie na tron króla Cenwalha, który wcześniej został wygnany przez Pendę z Mercji. Agilbert został ustanowiony następcą św. Birinusa, pierwszego biskupa Wessex, z siedzibą w Dorchester. Według relacji Bedy Czcigodnego, Cenwalh rozczarował się jego „barbarzyńskim” językiem, dlatego około 660 roku podzielił biskupstwo, tworząc nową diecezję w Winchester. Obrażony Agilbert opuścił wyspę, jednak prawdopodobnie uczestniczył w synodzie w Whitby w 664 roku, gdzie opowiedział się za stanowiskiem papieskim. Około 666 roku został biskupem Paryża. Po śmierci, która nastąpiła około 680 roku, został pochowany w opactwie Notre-Dame w Paryżu.