Agaton urodził się prawdopodobnie w Palermo na Sycylii około 577 roku. Został wybrany na papieża 27 czerwca 678 roku, stając się jednym z najstarszych papieży w historii Kościoła — w chwili wyboru miał około 100 lub 101 lat. Jego pontyfikat trwał do śmierci 10 stycznia 681 roku, kiedy to miał ukończyć 103 lub 104 lata. Za jego rządów odbyły się dwa synody laterańskie (679 i 680), które potępiły herezję monoteletyzmu w zachodnim chrześcijaństwie. Decyzje te zostały później potwierdzone przez Trzeci Sobór Konstantynopolitański w 681 roku. Podczas jego pontyfikatu zakończył się również konflikt między Rzymem a Rawenną, a biskup Wilfryd z Yorku został przywrócony do swojej diecezji po usunięciu przez króla Northumbrii Egfryda i arcybiskupa Teodora z Canterbury.