Małgorzata Colonna urodziła się w 1255 roku w Palestrinie w bogatej i szlacheckiej rodzinie. Wychowaniem zajęła się jej matka, Magdalena z Orsinich, która znała św. Franciszka. Po śmierci rodziców została oddana pod opiekę starszego brata, Jana. Jako młoda kobieta poczuła powołanie do służby Bogu i postanowiła oddać majątek. W 1273 roku wstąpiła do zakonu klarysek.