Magdalena Kiyota pochodziła ze znamienitej rodziny pana feudalnego Bungo, a jej ojcem był Franciszek Otomo. Po śmierci męża została przyjęta do tercjarzy dominikańskich przez Dominika Castellet Vinale. W okresie nasilonych prześladowań chrześcijan w Japonii jej dom służył jako schronienie dla misjonarzy. Za udzielanie pomocy duchownym została spalona żywcem w Nagasaki 17 sierpnia 1627 roku. Beatyfikowana została w grupie 205 męczenników japońskich przez papieża Piusa IX 7 lipca 1867 roku.