Jan Iwanaga urodził się około 1555 roku w miejscowości Chijiwa w Japonii. Był członkiem Bractwa Różańcowego, co świadczy o jego głębokim zaangażowaniu w życie religijne. W okresie Edo, gdy w Japonii nasiliły się prześladowania chrześcijan, Jan Iwanaga został ścięty 27 listopada 1619 roku w Nagasaki. Jego śmierć była następstwem odmowy doniesienia władzom o miejscu pobytu ukrywających się misjonarzy: Anioła Orsucciego i Jana Martíneza Cida. Mieszkał wówczas na tej samej ulicy co Kosma Takeya Sozaburō, u którego przebywali misjonarze. Tego samego dnia w Nagasaki stracono również wielu innych chrześcijan, między innymi Aleksego Nakamura, Antoniego Kimurę, Bartłomieja Seki, Leona Nakanishi oraz Michała Takeshitę, którzy podobnie jak Jan Iwanaga odmówili współpracy z władzami. Jan Iwanaga został beatyfikowany w grupie 205 męczenników japońskich przez papieża Piusa IX 7 lipca 1867 roku, choć dokument datowany jest na 7 maja 1867.